Cellepenetrerende peptider er små peptider som lett kan trenge gjennom cellemembranen.Denne klassen av molekyler, spesielt CPP-er med målrettingsfunksjoner, lover effektiv medikamentlevering til målceller.
Derfor har forskningen på det en viss biomedisinsk betydning.I denne studien ble CPP-er med forskjellige transmembrane aktiviteter studert på sekvensnivå, og forsøkte å finne ut faktorene som påvirker transmembranaktiviteten til CPP-er, sekvensforskjellene mellom CPP-er med forskjellige aktiviteter og NonCPP-er, og introdusere en metode for å analysere biologiske sekvenser.
CPPs og NonCPPs-sekvenser ble hentet fra CPPsite-databasen og forskjellige litteraturer, og transmembrane peptider (HCPPs, MCPPs, LCPPs) med høy, middels og lav transmembranaktivitet ble ekstrahert fra CPPs-sekvensene for å konstruere datasett.Basert på disse datasettene ble følgende studier utført:
1, Aminosyre- og sekundærstruktursammensetningen til forskjellige aktive CPP-er og ikke-CPP-er ble analysert med ANOVA.Det ble funnet at de elektrostatiske og hydrofobe interaksjonene mellom aminosyrer spilte en viktig rolle i transmembranaktiviteten til CPP-er, og den spiralformede strukturen og tilfeldige viklingen påvirket også transmembranaktiviteten til CPP-er.
2. De fysiske og kjemiske egenskapene og lengdene til CPP-er med forskjellige aktiviteter ble vist på det todimensjonale planet.Det ble funnet at CPP-er og ikke-CPP-er med forskjellige aktiviteter kunne grupperes under noen spesielle egenskaper, og HCPP-er, MCPP-er, LCPP-er og ikke-CPP-er ble delt inn i tre klynger, som viser forskjellene deres;
3. I denne artikkelen introduseres begrepet fysisk og kjemisk tyngdepunkt av biologisk sekvens, og restene som utgjør sekvensen betraktes som partikkelpunkter, og sekvensen abstraheres som et partikkelsystem for forskning.Denne metoden ble brukt på analysen av CPP-er ved å projisere CPP-er med forskjellige aktiviteter på 3D-planet ved PCA-metoden, og det ble funnet at de fleste CPP-er klynget sammen og noen LCPP-er klynget sammen med ikke-CPP-er.
Denne studien har implikasjoner for utformingen av CPP-er og forståelse av forskjellene i sekvensene til CPP-er med forskjellige aktiviteter.I tillegg kan analysemetoden for fysisk og kjemisk tyngdepunkt av biologiske sekvenser introdusert i denne artikkelen også brukes til analyse av andre biologiske problemer.Samtidig kan de brukes som inputparametere for noen biologiske klassifiseringsproblemer og spille en rolle i mønstergjenkjenning.
Innleggstid: 15. juni 2023